Древние римляне дали шалфею название Salvia, означавшее в переводе с латыни «целебный», «спасительный». Листьями шалфея раненые воины обрабатывали раны, а лекари использовали отвар шалфея при инфекционных заболеваниях. В Средневековье пучки шалфея развешивали в жилищах, чтобы уберечься от чумы.
Название Sclarea (Clare) восходит к применению семян шалфея мускатного для извлечения инородных тел из глаз – слово Sclarea образовано от слова clarus, означающего «ясный», «чистый». По-английски clary – это сокращение от clear eye («чистый глаз»).
Масло шалфея мускатного – отлично подходит для лечения повышенного давления в глазном яблоке (зеленая звезда), а также при воспалении зрительного нерва.
Святая Хильдегарда Бингенская советовала использовать шалфей мускатный при отравлениях: «Шалфей мускатный отличается теплом и хорош против ядов.
Наши виноградари, а частично и пивовары, ценят его вкус для облагораживания дешевого вина путем придания ему благородного, пряного и полного вкуса». Отсюда же происходит название «мускатное вино».